达标纳税人自动减免税
该《办法》首次统一了我国对减免税的管理，解决了长期以来减免税管理只是分别在增值税、营业税、所得税等有关税种的具体规定中体现，缺乏统一管理标准的问题。该《办法》将减免税的类型分为备案和报批两种类型，备案类的减免税是指法律、行政法规明确规定的减免税，纳税人只要达到相应条件，就可以享受相应的减免税待遇，不再需要层层审批；报批类减免税是指纳税人根据相应规定向税务机关提出申请，税务机关审核后批准的减免税，即通常意义上需要个案审批的减免税。
对于同时涉及减免税项目与非减免税项目的，原办法规定，如果纳税人不能分别核算或核算不清的，就不得享受减免税优惠政策。而新办法明确为，出现这种情况，将由税务机关按合理方法核定减免税数额。此外，当纳税人可以享受减免税但未享受而多缴税款，且不需要税务机关审批或没有超过申请期限的，今后纳税人将可以申请退还多缴的税款。
另一方面，该《办法》还将过去实行的对减免税每年年审的制度，调整为与纳税检查、执法检查或其他专项检查相结合，从而减轻了纳税人每年都要应付年审的负担。
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